Beyond Good & Evil é um jogo de ação e aventura com elementos de resolução de quebra-cabeças e jogos furtivos. O jogador controla a protagonista, Jade, a partir de uma perspectiva de terceira pessoa. Jade pode correr, se mover furtivamente, pular obstáculos e poços, subir escadas, empurrar ou bater portas e objetos e se achatar contra paredes. Como Jade, o jogador investiga uma série de instalações em busca da verdade sobre uma guerra com uma ameaça alienígena.

Jade e Pey'j estão cuidando dos filhos de Hillys, órfãos da DomZ. Quando Jade fica sem dinheiro para administrar o escudo que os protege, ela encontra um trabalho de fotografia, catalogando todas as espécies em Hillys para um museu de ciências. Ela é recrutada pela Rede IRIS, que suspeita que as Seções Alfa estão por trás dos desaparecimentos em todo o planeta. O primeiro alvo de investigação de Jade é uma fábrica das Seções Alfa.