Suikoden é um RPG de estilo japonês com várias adições incomuns. Existem três tipos de combate no jogo, sendo o mais comum o tradicional combate em turnos (os jogadores podem ter até seis pessoas em seu grupo ativo). As runas mágicas podem ser equipadas nos personagens do jogador, o que permite o uso limitado de feitiços ofensivos e de cura. Há também algumas batalhas militares, onde o jogador deve controlar unidades inteiras de lutadores, arqueiros, mágicos, etc. , e lutas individuais (duelos).

Vagamente baseado no clássico romance medieval chinês Water Margins, o jogo é um RPG de fantasia ambientado em um universo imaginário, cujo tema principal é a luta política. O herói do jogo é o jovem filho de Theo McDohl, um general que serve o Império da Lua Escarlate, atualmente controlando a terra de Toran. Através de uma série de eventos, o herói se envolve em uma rebelião contra o Império, liderada por uma organização conhecida como Exército de Libertação. O herói encontrará um novo lar lá, será capaz de se afastar de tudo o que foi sagrado para ele, incluindo seu próprio pai?