Neste jogo de luta estilo arcade, os universos DC e Mortal Kombat são representados por 10 campeões cada, e um personagem "chefe", para um total de 22 lutadores. O jogo é semelhante aos jogos 2D Mortal Kombat (com alguns elementos 3D), concentrando-se mais no aspecto de movimento especial do que nos combos complexos encontrados nos três jogos anteriores (Deadly Alliance, Deception, Armageddon). Como em qualquer jogo de Mortal Kombat, Fatalities ainda está presente para os Kombatentes e vilões, embora ligeiramente atenuado para atender aos padrões da DC de heróis como Superman e Batman, mantendo seu código moral e não matando seu oponente. Como resultado, os heróis da CD realizam "Brutalidades Heroicas", o que efetivamente coloca seu oponente fora de serviço.

Depois que a invasão de Shao Kahn ao Earthrealm é interrompida pelas forças da luz de Raiden, Raiden explode e envia Kahn através de um portal. Exatamente ao mesmo tempo na Terra, Superman interrompe a invasão apokoliptiana de Darkseid explodindo Darkseid com sua visão de calor quando ele entra em um tubo de lança. Esses atos não destroem nenhum deles, mas os fundem em Kahn Sombrio, e fazem com que os universos DC e Mortal Kombat se fundam. Quando isso acontece, as habilidades dos personagens flutuam, causando violentos surtos de "raiva" que são, na verdade, os sentimentos de Dark Kahn sendo infundidos nos personagens de longe. Com cada mundo pensando que o outro é responsável pela fusão, eles lutam entre si até que apenas um lutador de cada lado permaneça.