Mega Man Zero 2, known in Japan as Rockman Zero 2, is the second game in the Mega Man Zero series for the Game Boy Advance, developed by Inti Creates and published by Capcom in 2003. LAN Multiplayer: If you have two cartridges and a link cable, the players can link two GBAs and take part in a two-player game. There are three modes available to take part in: - Time Attack - Set a goal somewhere in the stage. After three tries, the player with the shortest time to the goal wins. - Enemy Battle - Defeat the most enemies from the generator within the time limit. - Get Item. - Collect the most items from the map within the time limit.

Um ano se passou desde que Zero derrotou a Cópia X. Desde então, ele passou seu tempo vagando pelo deserto derrotando onda após onda de Panteões. Quando o jogo começa, Zero atravessa com cansaço uma tempestade de areia envolta em uma capa esfarrapada. À medida que as areias morrem, ele percebe que está mais uma vez sendo perseguido por inimigos. Apesar de estar em mau estado, com armadura rachada e armas quebradas (sua vara e escudo sendo inúteis), sua capa é jogada ao vento e sua arma Buster Shot é sacada na defesa. Em outro lugar, os três membros sobreviventes dos Quatro Guardiões (Fantasma se autodestruiu tentando impedir o ataque de Zero à Área X no jogo anterior) assumiram o comando de Neo Arcadia, com Harpuia como líder. A morte da cópia X foi encoberta, pois os humanos o reverenciavam como seu salvador. Harpuia deixa Neo Arcadia e se depara com Zero após sua batalha no deserto. Harpuia o leva para a nova Base da Resistência, onde Zero é reparado e se reúne com Ciel e o resto da Resistência, e também encontra seu novo comandante, Elpizo. Sozinha em seu escritório, Ciel conta a Zero sobre as mudanças que ocorreram no ano em que ele estava desaparecido, além de lembrá-lo de seu objetivo final de criar um novo sistema de energia. Ela mostra a ele um Bebê Elfo, que é a base de sua pesquisa atual.