Gakuen K é uma visual novel otome baseada no K Project da GoHands e GoRa com um personagem original exclusivo do jogo, Konohana Saya, como protagonista.

Konohana Saya era apenas uma colegial comum, mas de repente, suas habilidades despertaram. Incapaz de controlá-los, ela entra em fúria. Alienada por seus colegas devido a seus poderes, ela decide que não tem escolha a não ser deixar a escola. Ela então recebe uma carta de convite de Miwa Ichigen, a diretora da "Super" Academia Ashinaka. Saya então se transfere para a academia como uma aluna "exceção". Guiada pela academia por seu gentil colega de classe, Yukizome Kukuri, a empolgação de Saya com sua nova vida escolar foi interrompida graças a ficar presa no meio de uma disputa entre dois clubes. Os clubes que estavam brigando entre si eram dois dos sete clubes especiais. O Red Club, comumente chamado de "HOMRA", e o Blue Club, comumente chamado de "SCEPTER 4". Atraída até mesmo dos lugares mais inesperados pelos líderes de vários clubes, Saya é resgatada por três membros pertencentes a um dos sete clubes especiais - o Silver Club. Os três eram o líder do clube, Isana Yashiro, juntamente com Yatogami Kurou e Neko. Cercada por muitos personagens individualistas, as cortinas da nova vida escolar de Saya são levantadas.