Shoot the Bullet funciona como um jogo danmaku normal, com uma diferença principal. Você ainda tem que se esquivar de balas que são jogadas em você, mas você é incapaz de atirar no chefe para causar dano. Em vez disso, você deve usar a câmera de Aya para tirar uma certa quantidade de fotos do chefe. Para ajudar o jogador, a câmera de Aya é capaz de eliminar todas as balas dentro do visor quando uma foto é tirada, mesmo que o chefe não esteja dentro da foto. A foto é considerada bem-sucedida quando o chefe aparece na foto e receberá uma pontuação com base em certos critérios, incluindo a quantidade e o tipo de balas na foto. Os chefes incluídos neste jogo vêm dos jogos Embodiment of Scarlet Devil e Phantasmagoria of Flower View.

In Shoot the Bullet, you play as Aya Shameimaru as she photographs the bosses from various Touhou games. However, no one ever reveals why she is taking these photos. In fact, at one point it is pointed out that "No one knows the purpose of the photos, except Aya", and the only reason she does not shoot the opponents is "not to be nice, but because she doesn't want her bullets in the picture. "