Puzzle Link é um jogo onde blocos de cores correspondentes devem ser dissolvidos. Novos blocos rolam constantemente para a tela a partir do topo. O jogo termina quando os primeiros blocos atingem a parte inferior da tela. Você pode dissolver blocos atirando neles. Os tiros formam uma linha onde eles impactam. Se essa linha conectar blocos desconectados da mesma cor, eles se dissolverão. Existem três modos diferentes: Em "Normal" você tem que vincular dois blocos especiais que aparecem depois de algum tempo. Se você conseguir terminar o nível dentro do limite de tempo, desbloqueará uma das 50 cartas colecionáveis. No "Modo Limpar", você deve limpar uma determinada constelação de blocos. "Modo de Batalha" é um modo de cabo de ligação para dois jogadores.