Pikuniku é um jogo de quebra-cabeça e aventura ambientado em um mundo colorido. O jogador controla Piku, uma pequena criatura vermelha, guiando-o através de níveis e resolvendo quebra-cabeças que envolvem principalmente chutar e empurrar objetos em interruptores para abrir o caminho a seguir. Piku pode amarrar as pernas para balançar de ganchos e tirolesas, enrolar-se em uma bola para rolar, andar de carrinho de minas e viajar por canos para alcançar novas áreas. Ao longo do caminho, o jogador encontra aldeões para conversar e pode gastar moedas ganhas em níveis em itens como chapéus. Um modo cooperativo local permite que um segundo jogador controle uma criatura laranja semelhante chamada Niku em um conjunto de níveis cooperativos.

Em um mundo insular colorido, uma figura alegre chamada Mr. Sunshine aparece em um comercial oferecendo às criaturas locais dinheiro grátis em troca do lixo que seus robôs gigantes coletam. Na mesma época, uma pequena criatura vermelha chamada Piku é acordada por um fantasma em uma caverna e instruída a sair. Emergindo no mundo, Piku descobre que uma lenda o pintou como uma besta maligna, e os aldeões assustados o prendem até que ele concorde em reparar a ponte que ele acidentalmente quebrou. À medida que Piku ganha a confiança dos aldeões e explora mais, ele descobre que o Sr. As máquinas de Sunshine estão silenciosamente despojando a ilha de seus recursos essenciais, e ele é atraído para um pequeno grupo de rebeldes determinados a detê-los.