Com base no sucesso de NARUTO: Rise of a Ninja, esta nova aventura leva a história a um nível mais profundo dentro do Universo Naruto. Agora um ninja respeitado, Naruto evolui para um herói maduro e forte. No entanto, ele logo se verá cercado por conflitos. Forçado a reviver memórias amargas, o melhor amigo de Naruto, Sasuke, inicia uma busca autodestrutiva pelo poder. Agora, com a ajuda de seus amigos, Naruto deve confrontar Sasuke e salvá-lo antes que seja tarde demais.