SPQR é um jogo de aventura 3D que desafia você a aprender como o Império Romano funciona - estruturalmente, mecanicamente, economicamente, culturalmente e politicamente. Os jogadores recebem um ano para investigar cinco suspeitos igualmente suspeitos, a fim de resolver o mistério final: quem está planejando destruir Roma e como eles farão isso?

O jogador é um personagem sem nome, um amigo do inventor Cornelius que foi preso. Sua prisão foi por suspeita de que ele está envolvido com o Calamitus, uma figura que pretende destruir Roma. O jogo começa embaixo da oficina de Cornelius e, assim que o jogador entra na oficina, recebe uma mensagem sobre sua prisão. A mensagem também dá os nomes de cinco possíveis Calamiti: Lucius: Um soldado aposentado que agora é um investigador particular. Embora não esteja investigando, ele passa os dias bebendo na loja de vinhos abaixo de seu apartamento. Verania: A cabeça Virgem Vestal, que está pensando em se aposentar. Xanto: Um dos assistentes de Gordiano que afirma ser grego, mas na verdade é um bárbaro. Sybil: Uma profetisa que administra uma pequena barraca, mas depois trabalha para o imperador romano. Gordiano: Um arquiteto que está usando o dinheiro de sobra de projetos para construir seu próprio templo. O jogador também é informado sobre o Navitor, uma máquina que lhes permite passear por Roma no conforto da oficina. Uma vez ativado, pode pegar objetos e usá-los em outros lugares, viajar no tempo e ver cada um dos diários dos suspeitos. Quando o jogador ativa o Navitor, sua primeira tarefa é encontrar os diários dos suspeitos. Depois disso, eles são atualizados automaticamente. Há também "missões" a cada mês, consistindo em uma captura de tela. O jogador deve encontrar o local retratado na captura de tela e completar um quebra-cabeça ou tarefa para obter mais pistas e/ou um objeto importante. Os eventos em Roma podem ser lidos tanto nos diários quanto no jornal da cidade, e muitas vezes podem ajudar na busca do mês. Ocasionalmente, o Navitor falhará, e o jogador deve consertar uma das máquinas ao redor da oficina para consertar o próprio Navitor. Cada uma das máquinas representa uma estação, e apenas a máquina correta para a estação pode ser consertada.