No ano de 2944, a humanidade ainda está em guerra com o Tiglaary e uma estranha anomalia chamada Kreed dá aos cientistas enigmas que eles não conseguem resolver. Alguns grupos religiosos acreditam que o Kreed é um ser superior e muitos deles tentam entrar nele. Um dia eles finalmente conseguem e, sob o comando de Teofrast Rumi, um oficial de alto escalão, um navio cheio de fanáticos entra na anomalia. Como soldado da legião, você e seus colegas a bordo da espaçonave Aspero são enviados atrás dele.